En el siglo XVI, el territorio de los Países Bajos incluía no sólo a los propios Países Bajos, sino también a Bélgica, Luxemburgo y parte del norte de Francia. Esta zona también formaba parte del Sacro Imperio Romano de la Nación Alemana, que estaba gobernado por la rama española de los Habsburgo. Al igual que en Francia, la idea de la Iglesia Reformada, el calvinismo, se desarrolló en los Países Bajos. Estas enseñanzas se remontan al reformador francés Johannes Calvin a mediados del siglo XVI.
Poco antes de la tercera guerra hugonote de 1568 a 1570, los holandeses también comenzaron a rebelarse contra el dominio español. El rey español Felipe II envió al duque español de Alba con un ejército a Bruselas en 1567 para aplastar la rebelión. Estos se habían reunido alrededor de Guillermo de Orange, pero pronto fueron ejecutados por los españoles a cientos. En abril de 1568 hubo la primera batalla entre el ejército rebelde y el ejército español en Rheindahlen, donde los rebeldes tuvieron que retirarse derrotados. Sin embargo, los disturbios en el país continuaron y condujeron a atrocidades por parte del ejército dirigido por Alba. En Zutphen, Naarden y Haarlem se llevaron a cabo masacres contra la población. La resistencia no podía ser rota.
Con el cambio de los llamados "Watergeuzen" (mendigos del agua), a los que la reina Isabel I ya había pedido asilo religioso en Inglaterra, pero que fueron expulsados de nuevo en 1568, los españoles tuvieron que sufrir nuevas derrotas en el mar cuando estos Geuzen con sus barcos infligieron los ataques de los españoles y grandes pérdidas, como en 1607 durante el ataque cerca de Gibraltar.
En 1573, el duque de Alba fue mandado de vuelta a España, sucedido por Luis de Requesens. Hasta su muerte en 1576, no hubo movimientos militares significativos, pero cuando la paga de los soldados españoles no se materializó, ellos rabiaron durante 3 días en Amberes, matando a unas 8.000 personas.
En noviembre de 1576, las provincias del norte y del sur de los Países Bajos se fusionaron para formar el Pacífico de Gante, que fue aprobado por España en 1577. Cuando las minas de plata españolas de las colonias sudamericanas trajeron suficiente plata al país, bajo el liderazgo del duque de Parma, nombrado gobernador, se formó la Unión de Arras de las provincias del sur, leales a España y hostiles a las provincias calvinistas del norte, que se unieron en la Unión de Utrecht. Aunque Parma lideró a su ejército hacia el norte en una nueva campaña, España sufrió un severo revés durante la guerra con Inglaterra en 1588, cuando su Armada perdió ante la Armada Inglesa en el Canal de la Mancha y fue incapaz de enviar refuerzos a los Países Bajos.
En 1584, los rebeldes tuvieron que hacer frente a la pérdida de su líder Wilhelm von Oranien tras un asesinato. Su hijo Moritz le sucedió. Comenzó con la reestructuración y reforma de su ejército rebelde para convertirlo en un ejército poderoso y lo hizo bastante difícil para el ejército español con sus tácticas guerrilleras. Hasta el cambio de siglo tuvo que enfrentarse al enemigo en sólo 2 batallas abiertas. En el año 1600 convenció en la batalla con Nieuwpoort en las cercanías de Dunkerque enseñando una derrota sensible a los españoles. En 1609 se negoció un armisticio de 12 años entre las partes en conflicto.
La batalla de Gibraltar en un retrato de Hendrick Cornelisz
En 1621 el conflicto volvió a estallar y el general italiano Ambrogio Spínola, que luchó al lado de España, dirigió nuevas campañas contra las provincias del norte. Durante el asedio de Brade murió el líder rebelde Moritz y su medio hermano Friedrich Heinrich tuvo que continuar la rebelión.
Debido a las inminentes victorias en el mar y al debilitamiento de la flota española debido a la guerra con Inglaterra, el abastecimiento del ejército español en los Países Bajos ya no podía garantizarse a largo plazo. Cuando la flota española fue hundida con el refuerzo en 1639, era previsible que España ya no pudiera ganar el conflicto. 1647 Muere Friedrich Heinrich y contra la voluntad de su hijo Guillermo II. se inician las negociaciones de paz. Estos terminaron en 1648 en la Paz de Westfalia, que puso fin no sólo a la guerra de 80 años, sino también a la guerra de 30 años y trajo el reconocimiento internacional de la República de los Países Bajos Unidos.
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