Nel XVI secolo, il territorio dei Paesi Bassi comprendeva non solo i Paesi Bassi stessi, ma anche il Belgio, il Lussemburgo e parte della Francia settentrionale. Questa zona faceva anche parte del Sacro Romano Impero della Nazione Tedesca, governata dal ramo spagnolo degli Asburgo. Simile alla Francia, l'idea della Chiesa riformata, il calvinismo, si sviluppò nei Paesi Bassi. Questi insegnamenti risalgono al riformatore francese Johannes Calvin a metà del XVI secolo.
Poco prima della terza guerra ugonotta, dal 1568 al 1570, anche gli olandesi cominciarono a ribellarsi contro il dominio spagnolo. Nel 1567, il re di Spagna Filippo II inviò a Bruxelles il duca di Alba con un esercito per distruggere la ribellione. Si erano riuniti intorno a Guglielmo d'Orange, ma presto centinaia di persone furono giustiziate dagli spagnoli. Nell'aprile del 1568 ebbe luogo la prima battaglia tra l'esercito ribelle e quello spagnolo a Rheindahlen, dove i ribelli dovettero ritirarsi sconfitti. Tuttavia, i disordini nel paese sono continuati e hanno portato ad atrocità da parte dell'esercito guidato da Alba. Massacri sono stati effettuati a Zutphen, Naarden e Haarlem. Anche in questo caso non è stato possibile rompere la resistenza.
Con lo scambio dei cosiddetti "Watergeuzen" (mendicanti dell'acqua), che in precedenza avevano cercato asilo religioso in Inghilterra dalla regina Elisabetta I. 1568 ma furono espulsi di nuovo, gli spagnoli dovettero subire ulteriori sconfitte in mare, quando queste grucce con le loro navi inflissero attacchi degli spagnoli e pesanti perdite come il 1607 con l'attacco nei pressi di Gibilterra.
Nel 1573 il duca di Alba tornò in Spagna, al quale succedette Luis de Requesens. Fino alla sua morte, nel 1576, non ci furono mosse militari significative, ma quando i salari dei soldati spagnoli non si materializzarono, infuriarono per tre giorni ad Anversa, uccidendo circa 8. 000 persone.
Nel novembre 1576 le province settentrionali e meridionali dei Paesi Bassi si fusero per formare il Pacifico di Gand, che fu approvato dalla Spagna nel 1577. Quando le miniere d'argento degli spagnoli delle colonie sudamericane portarono abbastanza argento nel paese, l'Unione di Arras fu formata dalle province meridionali sotto la guida del Duca di Parma, nominato governatore, che era fedele alla Spagna e ostile alle province calviniste settentrionali, che a loro volta si riunirono nell'Unione di Utrecht. Sebbene Parma guidasse il suo esercito in una nuova campagna a nord, la Spagna subì una grave battuta d'arresto durante la guerra con l'Inghilterra nel 1588, quando la sua armata (flotta da guerra) perse a vantaggio della marina inglese nel Canale della Manica e non fu quindi in grado di inviare rinforzi nei Paesi Bassi.
I ribelli dovettero subire la perdita del loro leader Guglielmo d'Orange dopo un omicidio nel 1584. Suo figlio Moritz gli succede. Questo è iniziato con la ristrutturazione e la riforma del suo esercito ribelle in un esercito potente e ha reso molto difficile per l'esercito spagnolo attraverso le sue tattiche di guerriglia. A cavallo del secolo, dovette affrontare il nemico in due sole battaglie aperte. Nel 1600, nella battaglia di Nieuwpoort vicino a Dunkerque, convinse gli spagnoli insegnando loro una grave sconfitta. Nel 1609 le parti in conflitto negoziarono un cessate il fuoco di 12 anni.
La battaglia di Gibilterra
Nel 1621 il conflitto riaccese e il generale italiano Ambrogio Spinola, che combatté dalla parte spagnola, continuò le sue campagne contro le province settentrionali. Durante l'assedio della città di Brade morì il leader ribelle Moritz, il suo fratellastro Friedrich Heinrich dovette continuare la rivolta.
A causa delle imminenti vittorie in mare e della flotta spagnola indebolita dalla guerra con l'Inghilterra, l'approvvigionamento dell'esercito spagnolo nei Paesi Bassi non ha più potuto essere garantito a lungo termine. Quando la flotta spagnola fu affondata con i rinforzi nel 1639, fu chiaro che la Spagna non poteva più vincere il conflitto. Nel 1647 morì Friedrich Heinrich e contro la volontà di suo figlio Guglielmo II. furono condotti negoziati per la pace. Questi si conclusero nel 1648 nella Pace di Westfalia, che pose fine non solo alla guerra degli 80 anni, ma anche alla guerra dei 30 anni e portò il riconoscimento internazionale alla Repubblica dei Paesi Bassi.
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